该剧讲述了共产党情报人员宋卓文（秦昊饰）被冷血多疑的特务科科长关雪（杨幂饰）误认成自己的双胞胎哥哥宋卓武，借着卓武是关雪“救命恩人”这层关系潜入哈尔滨警察厅特务科，经历千辛万苦才取得关雪及日本高官的信任，并为战争的最后胜利扫除障碍的故事。
《哈尔滨一九四四》以双胞胎兄弟交替身份与敌人斡旋的叙事角度切入，让主人公面对的险境不止是暗流汹涌、处处暗礁的敌方阵营，也不仅来自于孤身一人深入敌后的命悬一线，更叠加了一份源于“自身”的不确定性。可以说，兄弟二人的默契配合是剧情的亮点，但也因此有着随时可能暴露的巨大风险，如何在步步凶险的境地里分别全身而退并保证完美的时间差，在明处者无可指摘、在暗处者隐匿无形，成为剧集的一大看点。正是在这样的视角之下，《哈尔滨一九四四》以环环相扣的伏笔设计和层层递进的情节铺陈，为观众带来一场刺激惊险的硬核谍战智斗。剧集以扎实的笔法和周密的逻辑，呈现了丝滑的反转和巧妙的“破局”，为观众带来脑力角逐的极致体验。